El axolote es endémico de México. Se puede encontrar a Ambystoma mexicanum al sur de la Ciudad de México. Su único hábitat natural son los lagos próximos a la Ciudad de México y algunos canales y ríos de cuevas, especialmente en Xochimilco. También se encontraban en los ahora desaparecidos lagos de Texcoco y Chalco.
También se pueden encontrar cerca de Chignahuapan, en el estado de Puebla.
La introducción por parte del hombre de especies no autóctonas, como los ciprínidos koi y carassius, a los canales de Xochimilco, ha ocasionado una disminución de la población de ajolotes, cuyos desoves y crías jóvenes son devoradas por dichas especies.
La capacidad de regeneración del ajolote lo ha llevado a estar en peligro de extinción, por su explotación desmedida para fines medicinales. Por esta razón es indispensable que los acuaristas que cuenten con una pareja de estos animales, los reproduzcan en cautiverio. Son bonitos y graciosos, por eso los compran y cazan sin pensar que se pueden extinguir.
La IUCN incluye en su lista roja de especies en peligro de extinción a dos especies de axolotes, Ambystoma bombypellum y Ambystoma mexicanum. Su estado es de Críticamente Amenazado, consideradas con un riesgo extermadamente elevado de extinción en la naturaleza.
Ambystoma bombypellum solo se encuentra cerca del poblado de San Martín, en el estado de México.
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